Реформування системи проходитиме в три етапи:
На першому етапі буде ліквідовано Державну екологічну інспекцію та створено новий орган - Державну природоохоронну службу. Основним завданням реформи є перехід Державної природоохоронної служби від карального органу до служби моніторингу запобігання негативного впливу на довкілля, запровадження прозорої системи екологічного контролю та інформування суспільства, громадського контролю, гармонізація з євростандартами, ліквідація корупційних ризиків і запровадження тісної взаємодії з органами місцевого самоврядування.
На другому етапі планується внести законодавчі зміни з удосконалення системи контролю та організації проведення моніторингу стану довкілля, забезпечення функціонування загальнодержавної екологічної автоматичної інформаційно-аналітичної системи та доступу до екологічної інформації.
Третій етап передбачає запровадження оновленої системи державного моніторингу стану довкілля, введення нових екостандартів і норм тощо.
Крім того, пропонується, зокрема, скасувати щорічні планові перевірки суб'єктів малого і середнього бізнесу, які не ведуть діяльності, пов'язаної з небезпечним виробництвом чи загрозою на навколишнє середовище, і від кількісних перевірок перейти до якісних.